オカレンス(観察データと標本)

FBIP: Barcoding of the national collection of fungi: with special Emphasis on Hypocrealean fungi

最新バージョン South African National Biodiversity Institute によって公開 2019/06/28 South African National Biodiversity Institute
The main aim of this study is to expand the current knowledge basis on soil fungi by generating DNA barcodes for isolates in the NCF that has not been identified to species level as they could represent new species. The focus will be on the large portion of strains. representing the plant pathogenic and beneficial genera Fusarium and Trichoderma, respectively.

データ レコード

この オカレンス(観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、450 レコードが含まれています。

この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。

ダウンロード

DwC-A形式のリソース データまたは EML / RTF 形式のリソース メタデータの最新バージョンをダウンロード:

DwC ファイルとしてのデータ ダウンロード 450 レコード English で (13 kB) - 更新頻度: unknown
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RTF ファイルとしてのメタデータ ダウンロード English で (10 kB)

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Jacobs A (2019): FBIP: Barcoding of the national collection of fungi: with special Emphasis on Hypocrealean fungi. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=barcoding&v=1.0

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は South African National Biodiversity Institute。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: b5cd47e0-0039-4092-a77f-7493b586a3e1が割り当てられています。   South African Biodiversity Information Facility によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSouth African National Biodiversity Institute が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Barcoding; Hypocrealean; Fungi; DNA; BLAST; Specimen

連絡先

リソースを作成した人:

Adriaana Jacobs
Researcher
Agricultural Research Council
Private Bag X134
121 Pretoria
Gauteng
ZA
012 8088256

リソースに関する質問に答えることができる人:

Adriaana Jacobs
Researcher
Agricultural Research Council
Private Bag X134
121 Pretoria
Gauteng
ZA
012 8088256

メタデータを記載した人:

Adriaana Jacobs
Researcher
Agricultural Research Council
Private Bag X134
121 Pretoria
Gauteng
ZA
012 8088256

他に、リソースに関連付けられていた人:

データ提供者
Mahlatse Kgatla
FBIP Data Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue, Brummeria
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196
http://fbip.co.za/contact/

地理的範囲

Limpopo, Norther West, Gauteng, Mpumalanga, KwaZulu Natal, Eastern Cape, Free State, Western Cape

座標(緯度経度) 南 西 [-34.886, 16.348], 北 東 [-22.106, 32.959]

生物分類学的範囲

Most specimen have been identified to Genus and Species level, some are identified to Phylum and Class level

Phylum  Fungi

時間的範囲

開始日 / 終了日 1993-06-01 / 2017-07-23

プロジェクトデータ

The main aim of this study is to expand the current knowledge basis on soil fungi by generating DNA barcodes for isolates in the NCF that has not been identified to species level as they could represent new species. The focus will be on the large portion of strains. representing the plant pathogenic and beneficial genera Fusarium and Trichoderma, respectively.

タイトル Barcoding of the national collection of fungi: with special Emphasis on Hypocrealean fungi
識別子 FBIS150520118174
ファンデイング Funding from Foundational Biodiversity Information Programme (FBIP)
Study Area Description Limpopo, Norther West, Gauteng, Mpumalanga, KwaZulu Natal, Eastern Cape, Free State, Western Cape

プロジェクトに携わる要員:

研究代表者
Adriaana Jacobs

収集方法

samples where sourced from Agricultural Reasearch Council collection of living specimens.

Study Extent South Africa

Method step description:

  1. Strain selection: Strains representing the order Hypocreales will be selected based on the following criteria: a)No Sequence data available for the strain b) Morphological identification done to genus level or higher and c) Isolate obtained from soil . These will include strains from the MRC PROMEC collection as the ARC is now the custodians of this world renowned collection of fungi of medical importance. Amplicon generation: DNA extractions and amplification of target gene. The target gene will be genus specific as the ITS gene region doesn't provide species level identification for this group of fungi. For the genera Fusarium and Trichoderma it will be the translation elongation factor 1a gene as (Geiser et al., 2004; European Journal of Plant Pathology 110: 473-479; O’ Donnell et al., 2012; Mycologia, 104: 427–445; Druzhinina et al., Microbiology (2008), 154, 3447–3459. Data analyses: BLAST analyses will be done on the obtained sequence data using a number of international mycological databases such as TrichoMARK, Fusarium MLST and Fusarium ID, MycoBank and NCBI GenBank. The DNA based identification will be used to update the information in the NCF's database. This will also ensure that data is available on these selected strains that would be incorporated in taxonomic re-evaluations of orders, species complexes etc., and will be available for research sectors in agriculture, health, and industry. Population of databases: The newly generated data will be incorporate in the soil and phytopathogenic databases' BLAST tool which will also consult existing data in CBS, NCF and NCBI GenBank. The data will also be deposited in the BOLD database. Collaborative research: The barcoded species will be included in taxonomic and phylogenetic revisions that are currently being performed by the researchers located at the NCF (ARC-PPR) and both national and internationally.

追加のメタデータ