オカレンス(観察データと標本)

FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils

最新バージョン South African National Biodiversity Institute によって公開 2020/12/10 South African National Biodiversity Institute
To decipher edaphic microbial communities' diversities in South African natural terrestrial environments located in different aridity zones using phylogenetic/barcoding and shot-gun metagenomes

データ レコード

この オカレンス(観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、3,984 レコードが含まれています。

この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。

ダウンロード

DwC-A形式のリソース データまたは EML / RTF 形式のリソース メタデータの最新バージョンをダウンロード:

DwC ファイルとしてのデータ ダウンロード 3,984 レコード English で (116 kB) - 更新頻度: unknown
EML ファイルとしてのメタデータ ダウンロード English で (10 kB)
RTF ファイルとしてのメタデータ ダウンロード English で (9 kB)

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Ramond J (2020): FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip11&v=1.0

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は South African National Biodiversity Institute。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: b9aab537-db65-4b7c-ab35-0a4877703ddeが割り当てられています。   South African Biodiversity Information Facility によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSouth African National Biodiversity Institute が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Occurrence; Specimen

連絡先

リソースを作成した人:

Jean-Baptiste Ramond
Research Fellow
University of Pretoria
Centre for Microbial Ecology and Genomics (CMEG), Natural Science Building 2 Office 3-20, Hatfied Campus, Lynwood Road
0083 Pretoria
Gauteng
ZA
0124206980

リソースに関する質問に答えることができる人:

Jean-Baptiste Ramond
Research Fellow
University of Pretoria
Centre for Microbial Ecology and Genomics (CMEG), Natural Science Building 2 Office 3-20, Hatfied Campus, Lynwood Road
0083 Pretoria
Gauteng
ZA
0124206980

メタデータを記載した人:

Jean-Baptiste Ramond
Research Fellow
University of Pretoria
Centre for Microbial Ecology and Genomics (CMEG), Natural Science Building 2 Office 3-20, Hatfied Campus, Lynwood Road
0083 Pretoria
Gauteng
ZA
0124206980

他に、リソースに関連付けられていた人:

データ処理者
Mahlatse Kgatla
FBIP Data Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue, Brummeria
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196
http://fbip.co.za/contact/

地理的範囲

South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)

座標(緯度経度) 南 西 [-30.168, 16.908], 北 東 [-24.495, 27.499]

生物分類学的範囲

Diversities of microbiomes

Kingdom  Fungi,  Bacteria

時間的範囲

開始日 / 終了日 2017-02-28 / 2017-03-31

プロジェクトデータ

To decipher edaphic microbial communities' diversities in South African natural terrestrial environments located in different aridity zones using phylogenetic/barcoding and shot-gun metagenomes

タイトル FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils
識別子 FBIS160422162807
ファンデイング Foundational Biodiversity Information Programme
Study Area Description South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)

プロジェクトに携わる要員:

研究代表者
Jean-Baptiste Ramond

収集方法

Three different soil biotopes will be sampled from each of the 4 National Parks (Namaqualand, Richtersveld, Kgalagadi and Marakele NPs). 4 true replicates (~300g each) from each biotope will be collected at the vertices of a 50m perpendicular cross. Each true replicate sample will correspond to a mixture of 5 pseudo-replicates taken within a 1m2 quadrat. A total of 48 (4x4x3) individual soil samples are thus expected.

Study Extent South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)
Quality Control Quality filtering and OTU clustering were done simultaneously using USEARCH 61 (Edgar 2010). During quality filtering the short sequences, chimeras and duplicate sequences were removed. Chimeras were filtered out by de novo and reference based methods using UCHIME (Ashelford et al, 2005; Edgar et al, 2011). High quality paired-end forward reads (sequenced DNA molecule in the 5’-3’ direction) were then used to determine the sequencing depth of each metagenome in read alignment mode using Nonpareil v2.4. This program estimates the average sequence coverage by read redundancy (Rodriguez and Konstantinidis, 2014).

Method step description:

  1. Arid edaphic community barcoding: Soil metagenomic DNA extractions will be performed using commercial kits and send for 16S rRNA gene (Bacteria/Archaea) and ITS region (Fungi) Illumina MiSeq barcoding to a commercial company Shotgun metagenome sequencing: This approach involves the DNA sequencing of the whole microbial communities followed by intense computational analyses leading, notably, to the phylogenetic assignments of metabolic pathways and genes [7]. The Illumina HiSeq platform of a commercial company will be used and paired-end sequencing performed

追加のメタデータ