オカレンス(観察データと標本)

FBIP: Cataloguing zoonotic tick-borne bacterial pathogen strain diversity in wild rodent species in rural South Africa

最新バージョン South African National Biodiversity Institute によって公開 2020/09/30 South African National Biodiversity Institute
The aim of the study is, therefore, to catalogue the tick-borne bacterial pathogen strain diversity present in wild rodent species in the Mnisi community that could impact human health by using a metagenomics approach.

データ レコード

この オカレンス(観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、108 レコードが含まれています。

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ダウンロード

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DwC ファイルとしてのデータ ダウンロード 108 レコード English で (7 kB) - 更新頻度: unknown
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バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Oosthuizen M (2020): FBIP: Cataloguing zoonotic tick-borne bacterial pathogen strain diversity in wild rodent species in rural South Africa. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip2&v=1.0

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は South African National Biodiversity Institute。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: eb8708e4-5788-4c44-89c9-ef54e4423086が割り当てられています。   South African Biodiversity Information Facility によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSouth African National Biodiversity Institute が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Occurrence; Specimen

連絡先

リソースを作成した人:

Marinda Oosthuizen
Professor
University of Pretoria
Faculty of Veterinary Science, Arnold Theiler Building, Room 2.20-3, Hatfied Campus, Soutpan Road (M35)
0110 Pretoria
Gauteng
ZA
0125298390

リソースに関する質問に答えることができる人:

Marinda Oosthuizen
Professor
University of Pretoria
Faculty of Veterinary Science, Arnold Theiler Building, Room 2.20-3, Hatfied Campus, Soutpan Road (M35)
0110 Pretoria
Gauteng
ZA
0125298390

メタデータを記載した人:

Marinda Oosthuizen
Professor
University of Pretoria
Faculty of Veterinary Science, Arnold Theiler Building, Room 2.20-3, Hatfied Campus, Soutpan Road (M35)
0110 Pretoria
Gauteng
ZA
0125298390

他に、リソースに関連付けられていた人:

データ配布者
Mahlatse Kgatla
FBIP Data Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue, Brummeria
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196
http://fbip.co.za/contact/

地理的範囲

South Africa (Mpumalanga)

座標(緯度経度) 南 西 [-24.827, 31.33], 北 東 [-24.617, 32.371]

生物分類学的範囲

Catalogue the tick-borne bacterial pathogen strain diversity present in wild rodent species

Genus  Anaplasma (Bacteria),  Mastomys (Rodents)

時間的範囲

開始日 / 終了日 2012-04-01 / 2016-04-05

プロジェクトデータ

The aim of the study is, therefore, to catalogue the tick-borne bacterial pathogen strain diversity present in wild rodent species in the Mnisi community that could impact human health by using a metagenomics approach.

タイトル FBIP: Cataloguing zoonotic tick-borne bacterial pathogen strain diversity in wild rodent species in rural South Africa
識別子 FBIS170330225236
ファンデイング Foundational Biodiversity Information Programme
Study Area Description South Africa (Mpumalanga)

プロジェクトに携わる要員:

研究代表者
Marinda Oosthuizen

収集方法

-Ethical clearance through the Animal Ethics Committee (AEC) of the University of Pretoria was obtained (V046-14 and V030-14). -302 rodent blood samples across three habitat types (urban/periurban, communal rangelands, adjacent protected rangeland areas) in Mnisi has already been collected. Further Trapping will be done using Sherman-type traps; five sites will be pre-selected per habitat type; 50 traps will be used/site for up to 5 consecutive days. Traps will be baited with peanut butter, oats and marmite, checked twice/day. We aim to trap at least 15-20 individuals of 10 main species of rodents in each of the habitat types (n=600). Targeted species will be euthanized, blood will be collected immediately after euthanasian by cardiocentesis. Carcasses will be placed individually in sealed plastic bags and frozen.

Study Extent South Africa (Mpumalanga) in Mnisi
Quality Control NA

Method step description:

  1. -Apart from identifying rodent species by means of the Stuarts’ Field Guide to Mammals of Southern Africa (Stuart & Stuart, 2001), species verification will be done using sequence analysis of the mitochondrial gene Cytochrome Oxidase I (COI) -Catalogue the occurrence of the tick-borne bacterial pathogens present in wild rodent species by DNA analysis of the rodent microbiome. -Establish the genetic diversity of A. phagocytophilum strains by using specific gene markers.

追加のメタデータ